Grigson、Neri、Roux等提出病毒宿主预测框架VHAMSTeR,可将病毒序列归入原核生物、动物、植物、真菌和原生生物五类宿主。论文称,该方法结合微调后的基因组语言模型嵌入与基因组结构、蛋白同源性等显式生物学特征,在DNA病毒(MCC>0.91)和RNA病毒(MCC>0.69)上均显著优于现有宿主预测方法。作者将其应用于全球宏基因组目录,在RNA病毒圈解析宿主关联,发现175种隐蔽RNA噬菌体;海洋病毒基因组分析显示极地海洋中原生生物病毒富集;非洲城市化梯度下的人类肠道病毒组比较显示,农村队列中检出的共生原生生物病毒在工业化人群中减少。代码已公开。
新模型VHAMSTeR预测病毒宿主,DNA病毒MCC超0.91
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