据bioRxiv预印本,Uckelmann等提出LPT(little protein tiger)框架,以固定编排的多阶段大语言模型流程,每个阶段运行带定制系统提示与工具权限的有限智能体循环,可从单条自然语言指令出发进行从头蛋白质结合剂设计。该框架可查询一个经整理的文献数据库,其中约14000篇论文被提炼为关键发现。论文称,接入该数据库的模型在48道取自数据库关键发现的测试题中答对41道,未接入的模型一题未答对。在三项端到端设计任务中,LPT自主识别设计意图、选择靶点、结构与热点残基,并设计候选结合剂以干扰CALCRL/RAMP1、PD-1/PD-L1及PVR-TIGIT相互作用;多种折叠模型交叉验证显示较高的计算成功率,且token消耗与计算成本较低。该结果尚未经同行评审。
LPT框架:有限智能体循环实现蛋白质结合剂自动设计
bioRxiv