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基因组语言模型绘制原核非编码序列图谱,聚类出514万个簇

来源biorxiv.org

Sun、Hudelmaier、Gilligan等研究团队称,其利用在原核基因间序列上微调的基因组语言模型,从DNA序列中学习非编码元件的表征,并将来自1.3太碱基对原核基因组与宏基因组的3.76亿个基因间区组织为514万个簇。论文称,该方法提名了20149个可能形成结构RNA、且带有候选蛋白伴侣的簇;token熵的周期性揭示了内部结构,仅凭序列即回收了CRISPR、TIGR与VIPR阵列及其对应的效应蛋白。对桥重组酶邻近序列的定向聚类,识别出向导识别序列长于任何已表征同源物的桥RNA变体。研究还让AI代理团队按研究者设定标准挖掘数据库,发现分化的核糖开关、核酶等结构RNA。作者称已公开该数据库。

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