DAPE-PD：基因组基础模型扩散适配实现顺式调控DNA定制生成

据bioRxiv预印本，Echavarria Galindo等提出DAPE-PD（Diffusion Adaptation of Pretrained Evo for Promoter Design），将自回归Evo模型适配为双向掩码扩散模型，无需基础规模重训练。该方法结合预训练基因组表征与迭代去掩码生成调控DNA序列；在基因组来源的基因间序列上按属进行微调后，生成的序列保留了属相关组成特征，尽管与微调数据集相似度较低。实验验证识别出有功能的从头启动子；在三种非模式肠道共生菌中，计算优先排序从较小的实验候选集中回收了活性设计。作者称该框架将基因组预训练与扩散生成相连接，把基础模型从序列理解拓展至活细胞中的功能性顺式调控DNA工程。