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Creator 1.0:系统发育引导分阶段预训练,覆盖1000种植物基因组

来源biorxiv.org

据bioRxiv预印本,Yang等提出植物基因组基础模型Creator 1.0,参数规模20亿,基于1000个植物基因组、采用系统发育引导的分阶段预训练(PGSP)训练,共83个连续阶段,产出52个与不同植物目对应的累积检查点。作者称,在GENEB上,第83阶段检查点在10项植物相关任务中于46个模型里排名第一,平均马修斯相关系数(MCC)为0.565,在全部100项任务中排名第四。在6项植物lncRNA任务上评估52个检查点,全量数据、10-shot与1-shot设置下的最优阶段分别为第71、72和29阶段。作者表示,检查点表现因任务而异,与对应植物目之间未见一致优势。该预印本尚未经同行评审。

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