ChAI-Net从DNA序列预测染色质共可及性图谱

据bioRxiv预印本，Lee等将单分子长读长足迹技术与深度学习结合，研究小鼠胚胎干细胞中不同类型顺式调控元件内蛋白质-DNA相互作用的协调方式。研究团队先量化单个分子上成对位置同时可及的频率，再训练神经网络ChAI-Net，从DNA序列预测位点特异的染色质共可及性图谱。通过模型解读与计算机模拟实验，作者称ChAI-Net学到了增强子、启动子和CTCF结合位点内共可及性背后的独特序列基序组合，其中许多基序在建模平均可及性时未被捕捉，提示其参与协调性结合。该模型还显示转录因子基序的方向、间距、位置和共现对共可及性具有重要性。