CellCompass智能体系统可随实验数据扩展虚拟细胞动力学模型

预印本论文提出CellCompass，一种将科学智能体与可扩展动力学引擎耦合的智能体AI系统，用于建模细胞状态转变、群体变化及命运与分子读出。据论文，该系统在实验测量引入额外约束时可设计、实现并改进新的动力学表述，在约束充分时复用既有表述。作者构建了含100个模拟单细胞时间序列场景、隐藏动力学真值的基准DynBench100，称CellCompass在六项动力学任务上的综合表现优于所测试的通用与生物医学智能体。在四项真实单细胞研究中，该系统在药物响应数据中引入代谢RNA标记后，将脉冲控制可辨识性误差降低31.1%；在造血谱系追踪中引入克隆条形码后，克隆命运一致性较最强动力学基线提高54%；在时间分辨CITE-seq数据中，将RNA初始化轨迹的未来表面蛋白分布误差降低13.2%。上述结果来自预印本，尚未经同行评审。